ד"ר רפאל אלון מנתח מומחה בתחום הכירורגיה הכללית,ולו מגוון רחב של נושאים כגון:
התמקצעות בתחום השד: אבחון וגילוי מוקדם של גידול בשד.
ייעוץ ווהכוונה לנשים ברמת סיכוון גבוהה למחלה, (נשאיות BRCA) הוצאת הגוש מהשד (לפקטומיה), ועד לביצוע כריתת השד עצמו (מסטקטומיה) . כריתת בלוטות הלימפה מבית השחי,וכריתת בלוטות הזקיף מבית השחי.
ניסיון רב בתחום כירורגיה לפרוסקופית: ניתוחי קיבה,בקע מפשעתי (הרניה),ניתוח לתיקון בקע תבורי,ניתוח לתיקון בקע אפגסטרי.
מצטיין בתחום הפרוקטולוגיה: ניתוח בכריתת טחורים, ניתוח פיסטולה (סדק בפי הטבעת), כריתת מורסות באיזור פי הטבעת. כריתת קונדילומה (גידול) בפי הטבעת,וברקטום.